明朝初年，与中国一衣带水的日本进入封建割据的南北朝时期，诸侯为了争权夺利而战。一些战败的封建主一改往日与中国的友好交往，组织一些武士、商人和浪人在中国沿海地区烧杀抢掠，这些人被称为“倭寇”。倭寇之患萌芽于元顺帝时期，元顺帝至元二年（1336年），曾经协助日本后醍醐天皇平定叛乱的足利尊氏废黜了后醍醐天皇，另立新君，自任征夷大将军，并在京都设立了幕府。后醍醐天皇南逃，在吉野建立了“南朝”，与在京都的“北朝”对立。自此以后，日本就开始了南、北两个朝廷混战的局面。他们除了相互征战之外，还经常支持和勾结海盗骚扰中国沿海地区，掠夺财物，形成了元末明初的倭患。
朱元璋在位时，为了消除倭患，不断派使者到日本，可惜都毫无结果。洪武二十五年（1392年），北朝统一日本。失败的南朝诸侯失去了依托，于是盘踞海岛，不时侵扰中国沿海，甚至挖坟掘墓，使得从辽东、山东到广东的漫长海岸线上的居民深受其害。明朝修筑了十多座防御工事来抵挡倭寇，取得了一些成效。与此同时，统一日本的足利幕府第三代将军足利义满也想肃清南朝的残余势力，并通过与明朝进行贸易往来以获取丰厚的利润，也开始积极地剿捕倭寇，于是中日两国又恢复了邦交。成化年间（1465～1487年），足利幕府衰弱，一些没有权利与明朝进行贸易的守护大名开始进行海盗活动，破坏了中日双方的正常贸易。到了嘉靖时期，中日官方贸易完全中断，倭寇又开始在中国沿海地区猖獗起来。他们与一些不顾朝廷“海禁”命令的中国海盗以及官僚狼狈为奸，大肆侵扰闽、浙沿海地区。
嘉靖二十七年（1548年），朱绔受明朝任命，封锁了福建海面，击杀了近百名通倭者，侵犯了当地官僚、富豪的利益。这些官僚、富豪指使一些在朝的官僚弹劾朱绔擅杀，导致朱绔被迫自杀。自此以后，倭寇更加猖獗，在中国犯下了滔天的罪行，给中国人民带来了深重的灾难。
倭寇长期为患，激起了中国人民的愤慨，在抗倭斗争中涌现出了许多爱国将领，其中以戚继光为代表。
戚继光（1528～1588年）字元敬，山东登州（今山东蓬莱）人，嘉靖三十四年（1555年）调到浙江任参将，镇守宁波、绍兴、台州三府，抵御江浙倭寇的侵略。戚继光到任之后，发现当地官兵恶习泛滥，根本没有作战能力，但是人民却英勇抗战，于是出榜招兵，招募到了以义乌农民和矿工为主的三四千名新军，并更新了战舰、火器等军事装备，然后对新军将士进行了严格的军事训练，还教将士们排练鸳鸯阵，以期能够杀贼保民。
鸳鸯阵是戚继光在研究了地形、倭寇的武器装备和作战特点之后自创而成的。当时，戚继光注意到江南地区多沼泽，道路又弯曲，兵力不易展开，再加上倭寇善于埋伏且使用的是倭刀等短武器，就自创了著名的鸳鸯阵。鸳鸯阵的一个阵由十一名士兵组成，其中一名士兵是队长，另外十名士兵每五名排成一个纵队站在队长两边。队长负责指挥作战。排成纵队的十名士兵持有五种武器：盾牌、标枪、狼筅、长矛、短刀。盾牌兵负责掩护自己和身后的战友，并首先投掷标枪以发起进攻。狼筅兵站在盾牌兵身后，他们负责掩护盾牌兵。狼筅兵后面是四名长矛兵，他们是队伍的攻击主力，看见敌人就用长矛向前刺去。队伍的最后是两名短刀手，他们的主要任务是从侧翼保护长枪手，防止对手迂回。这十一名士兵互相配合，组成了五道攻击线，再加上此阵还可以变换阵型，因此大大地提高了战斗力。新军不仅训练有素、骁勇善战，而且纪律严明，所以得到了百姓的大力支持，甚至连少数民族都愿意为之誓死效命。正因为如此，这支军队才能屡立战功，令倭寇闻风丧胆，被誉为“戚家军”。
嘉靖四十年（1561年），约有一万名倭寇突袭浙江台州等地。戚继光闻讯之后，当即部署兵力抗击倭寇，并亲自率兵前往宁海，与当地居民一起抗击倭寇。倭寇在戚家军的攻势下一触即溃，只得退到温州西面的雁门岭，妄图借助险要的地势打败抗倭军民。戚家军乘胜追击，经过一番激战之后全歼了雁门岭的倭寇残余。接着，戚继光又立刻赶往台州救急。戚继光先命令士兵以火器进攻，接着又亲自率领大队人马攻入敌阵，鼓舞了士气，使得士兵们都义无反顾地杀入敌阵，就连倭寇故意扔到地上的金银财宝都不能阻挡他们的抗敌决心。戚家军越战越勇，很快就歼灭了这股倭寇。此后不久，又有一股倭寇企图突袭台州。戚继光敏锐地洞察到敌军的意图，派出一支军队埋伏在倭寇的必经之地上峰岭。倭寇被打得伤亡惨重，只有惊慌失措地逃到附近的百姓家里，随后被百姓全部消灭。戚继光在浙江抗倭期间，九战九捷，清除了浙东一带的倭寇。当戚家军凯旋时，台州人民组成了一条二十多里长的长龙，欢庆抗倭英雄胜利归来。
次年，浙江温州、广东南澳一带的倭寇来到福建，与盘踞在福建境内的倭寇互为声援，使得福建频频告急。戚继光又率部来到福建，捣毁了倭寇在福建横屿（今宁德东北）的巢穴。倭寇一路北逃，逃到了江苏兴化。戚继光乘胜追击，斩杀了无数的倭寇，受到了兴化人民的热烈欢迎。此后，戚继光又班师回到福建，歼灭了在福清登陆的二百名倭寇，与另一名抗倭将领刘显一起消灭了盘踞在福建境内的倭寇，然后才率部返回浙江。
戚继光返回浙江之后不久，倭寇又大肆侵扰福建沿海地区，并攻陷了兴化府，在城中烧杀、奸淫、掠夺了两个多月，直到把兴化城变成一座空城才离开。接着，这些倭寇经由岐头攻陷了平海卫（今福建莆田平海），再次威胁福建人民。明朝派遣俞大猷为新任福建总兵，又调来先期援闽的广东总兵刘显，命令二人率部与戚继光一起抗击闽倭。抗倭将士在福建莆田一带与倭寇展开激战，斩杀了二万多名倭寇。
戚继光在浙、闽、粤沿海诸地抗击倭寇长达十余年，总共经历了大大小小的战争共八十多场，终于解除了东南沿海的倭患。戚继光去世之后，以戚家军为种子的浙兵依然是明朝国防力量的主力。
倭寇的侵扰极大地破坏了东南沿海地区的人民生活和社会经济。倭患平定之后，人民才得以安居乐业，发展生产。在平定倭乱的过程中，明朝的一些官员认识到“海禁”既不能限制私人海上贸易，也不能防止倭寇，反而会迫使沿海居民冒险与倭寇勾结，给国家带来很大的危害。嘉靖末年，有远见的官僚纷纷建议朝廷解除“海禁”命令，发展海上贸易。隆庆年间（1567～1572年），朝廷废除了“海禁”命令，准许对外通商，促进了东南沿海商品经济的发展。